Библиотечниот фонд на Библиотеката, поради статусот на матична и депозитна библиотечна установа, од една страна претставува трезор на целокупната македонска продукција со сеопфатност во содржините и видот на материјалите, но исто така поради поврзаноста со УКИМ има универзален и општонаучен карактер.
Фондот на националната библиотека има 1.158.162 наслови и 3.027.024 библиотечни единици и тоа: 1.100.754 наслови монографски публикации, 22.665 наслови сериски публикации, над 33 000 наслови ракописен и друг специфичен и редок библиотечен материјал. Во фондот како македонски задолжителен примерок се доставуваат сите публикации печатени или умножени во Република Македонија, односно публикации од македонски издавачи печатени или умножени во странство. Во него се опфатени книги, брошури, сериски публикации и континуирани извори (списанија, весници и друго), музикалии (партитури и штимови), картографски материјал (карти, планови, глобуси), атласи, репродукции на уметнички слики и цртежи, плакати, разгледници, каталози, патенти, стандарди, календари, уметнички и сценски програми, фотографии, ЦД-а, ДВД-а, аудио и електронски книги, магистерски трудови, докторски дисертации, извештаи од научноистражувачки проекти, микроформи и друго. Фондот на Националната библиотека содржински ги опфаќа сите научни области, а во него се среќаваат публикации на над 50 светски јазици.
Најголем дел од библиотечните материјали во националната библиотека се во состав на општиот фонд, а помал дел ги опфаќаат фондовите на деветте збирки и тоа: Археографскиот центар, Збирка за ретки монографски и сериски публикации, современи ракописи и фотографии, Збирка ориенталистика, Збирка за ликовни уметности, Збирка за музички уметности, Збирка картографија, Збирка архивски примерок, Збирка докторски дисертации, магистерски трудови, извештаи од научноистражувачки проекти и микроформи. Овие колекции, извонредно значајни по својата културно-просветна, историска и научна вредност, ги содржат единаесетте збирки на движно културно наследство – библиотечни добра, од кои шест во категоријата културно наследство од особено значење, поткатегорија исклучително значење, три во категорија културно наследство од особено значење, поткатегорија големо значење и две во категоријата значајно културно наследство.